10月15日、厚生労働省が都道府県あてに事務連絡「新型コロナワクチン追加接種（３回目接種）に使用するファイザー社ワクチンの配分（３回目第１クール）について」を発出しました。事務連絡によると３回目接種用のファイザーのワクチンは、11月15日の週と22日の週に全国に３５１９箱が配送され、うち京都府には63箱が届く予定となっています。
第２クールについては、11月下旬をめどに都道府県別の配分量等を知らせるとしています。また、モデルナのワクチンについては、11月には配送せず、あらためて配送予定を知らせるとされています。
なお、現在の１・２回目のワクチン供給についても、厚生労働省は９月28日に事務連絡「ファイザー社ワクチンの 10 月 11 日以降の配分について」を発出。10 月 10 日までに、全国の対象人口のおよそ９割が２回接種を受けることのできる数量のワクチンを配分する予定とし、今後のワクチン接種では、市町村間のワクチンの調整を行う仕組みの構築などを提案。モデルナとファイザーのワクチン供給が対象人口の９割未満である都道府県には、配送量を増やす余地のあるモデルナの活用を進めるとともに、ファイザーのワクチンがさらに必要な場合は個別の相談に応じるとしています。
