厚生労働省健康局健康課予防接種室は６月22日付の事務連絡で、ファイザー社ワクチンを用いて住民への接種を実施している医療機関等が、武田／モデルナ社ワクチンによる職域接種を受け入れる場合、一時的に複数種類のワクチンを同一の医療機関で取り扱うことができるとしました。
しかし、その上で、ワクチンの混合による間違い接種等を防ぐため、以下のように注意喚起しました。

・複数種類のワクチンで、被接種者の動線を重ならないようにすること
・保管冷凍庫等の設置場所・管理を明確に分けること
・ワクチンの管理については、複数人での確認を徹底するとともに、ワクチンの種類ごとに責任者・担当者、接種関連器具・物品も区分すること

また、特設会場でのワクチン接種の対策についても記載しておりますので、詳細は下記ＵＲＬからご確認ください。
https://www.mhlw.go.jp/content/000795858.pdf
（厚労省HPより）