ＴＰＰ（環太平洋連携協定）承認案と関連法案が11月10日、衆院本会議で自民、公明の与党と日本維新の会などの賛成多数で可決され衆院を通過した。民進、自由、社民の3野党と自民の一部が採決前に退席、共産は反対した。この前日にＴＰＰからの離脱を表明しているトランプ氏が米国大統領選で勝利し、発効が困難視されるなかで、与党により採決が強行された。

協会は同日、抗議談話を発表。情報が伏せられたまま審議が尽くされておらず、ＩＳＤ条項（投資家対国家の紛争解決）や薬価決定過程への米国製薬企業の介入などの懸念は払拭されていないと批判し、ＴＰＰからの「撤退」を求めた。11日の京都新聞がそれを報じた。
衆院通過の直後、協会も参加するＴＰＰ参加反対京都ネットワークは四条烏丸で抗議行動を行った。山本有二農水相の度重なる失言や世論の反発も受け、当初与党が衆院通過目標とした10月28日から4度日程の変更がされたが、ネットメンバーはそのたびに街頭に立って訴えてきた。