総務省は、今年5月に市区町村から事業所に郵送される住民税の「特別徴収額の決定通知書」に、従業員のマイナンバーを記入するよう指示する文書を送付している。市区町村が指示通りに実施すれば、医療機関を含む事業所に厳重な管理が求められる。マイナンバーの提供について法令は、個人に提供義務を負わせる規定はなく、あくまで任意としている。そのため、提出しない従業員にとっては、自らの意思に反して事業者に管理が委ねられることになる。

マイナンバー制度開始にあたり、マイナンバーの通知カードを各世帯に配達した際は、簡易書留が使われていた。特定個人情報保護の観点から、マイナンバーを取り扱う際は簡易書留などの郵送方法が求められる。しかし、今回の「通知書」の送付を普通郵便で行う予定の市区町村もあり、個人情報の漏洩リスクが高まる。
協会は2月24日、京都市会宛に▽「通知書」にマイナンバーを記載しないこと▽マイナンバーの記載欄を追加した改正省令（様式変更）の撤回などを求める国への意見書提出—を求め、陳情書を提出した。2月27日には、府内市町村議会に陳情書、市町村長宛に要望書を送付した。