反核京都医師の会や被爆者、科学者などの団体が参加する「核兵器廃絶ネットワーク京都」は10月23日、政府による日本学術会議への任命拒否に対し菅首相に抗議文を送付した。
　抗議文は、「核時代を超えるビジョンを持て」という湯川秀樹博士の言葉を引用し、人類が一度生み出した技術は消滅しないが、それを超えるビジョンを持たなければならない、それは高い倫理性や哲学を伴う技術であり、そしてなにより恒久平和に向けた戦争を生まない社会のしくみを持つことだ、と述べている。今回の日本学術会議への任命拒否は、日本国憲法を柱とする「戦争を生まないしくみ」を壊すものであるとして、強く抗議した。そして、科学・技術の軍事利用および学問の自由を侵害するいかなる政治的介入にも断固反対することを表明した。