協会は、新型コロナウイルスの情勢を受け、2020年度診療報酬改定、施設基準の届出・日常管理と新型コロナウイルス感染者（疑い含む）への診療について、厚生労働大臣あてに3月5日付で緊急の要請を行った。要請内容は以下の通り。
　①2020年4月1日に予定通り診療報酬を改定するのであれば、その内容について責任を持って周知徹底すること。
　②実施した場合、診療報酬の請求については、当面の間、以下の対応とすること。「新型コロナウイルス感染症に係る診療報酬上の臨時的な取扱いについて」に基づき電話再診で処方箋を発行した場合であっても、再診料の外来管理加算、医学管理等の点数（特定疾患療養管理料等）の算定を認めること。新旧どちらの点数表を用いた場合であっても、請求を認めること。コンピューター審査におけるエラーも含め、全ての請求内容を請求通り全て認めること（なお、非常識、反社会的な事例は除く）。手書きレセプトにおいて旧表の低い点数で請求をした場合は医療機関に連絡。改定内容を説明し認識していなかった場合は高い点数に読み替えて請求を認めること。
　③実施した場合、診療報酬の施設基準については、当面の間、以下の対応とすること。経過措置が設けられた内容についてはその期限を必要な期間延長すること。入院医療機関のリハビリテーションスタッフ、入退院支援部門や受入施設の人手不足により状態の改善、退院調整が上手く進まない場合を考慮し、リハビリテーション実績指数、退院患者割合等が基準を満たさない場合であっても、ペナルティを科さないこと。
　④新型コロナウイルス感染（疑い含む）の診療報酬については、以下の対応とすること。新型コロナウイルス疑似症状を呈する患者だと医師が判断した場合であって、一般病床の個室または陰圧室に入院させた場合、「新型コロナウイルス感染症の疑い」の病名で二類感染症患者療養環境特別加算の算定を認めること。新型コロナウイルス以外の肺炎の鑑別診断を容易にするため、「新型コロナウイルス感染症の疑い」の病名でその他の原因による肺炎関連検査の算定を認めること。