① 源泉徴収簿に記載した毎月の給与や賞与の支払額、給与・賞与から控除した社会保険料（雇用保険など）、源泉徴収した税額の年間合計額を計算する。年の中途で採用した従業員の場合には、前職（1月から退職月まで）の源泉徴収票に記載された給与等の金額を合算する。
② ①で集計した年間の給与の総額から「給与所得控除後の給与等の額」を求め、「所得控除」の合計額を差引し、「課税所得金額」を算出する。「課税所得金額」に税率を乗じて税額を求め、住宅借入金等特別控除を控除して年調所得税額を算出する。
③ ②で求めた年調所得税額に102.1％を乗じて、復興特別所得税を含む年調年税額を算出する（100円未満の端数は切り捨て）。
④ ③で求めた年調年税額と従業員から源泉徴収した年間の税額との差額を本人還付（不足の場合は徴収）する。
⑤ 従業員から源泉徴収した税額（未納付分）に年末調整の過不足税額の合計額を加えて、翌年の1月10日（納期の特例が提出されている場合は20日）までに納付しなければならない。